يقع المتحف القبطي داخل حدود قلعة بابل الرومانية ، حيث يعتبر من أشهر وأكبر الآثار المتبقية للإمبراطورية الرومانية في مصر.

تقع بالقرب من مجموعة من الكنائس في مصر القديمة (كنيسة أبو سرجة ، وكنيسة مريم العذراء المشهورة بـ “الكنيسة المعلقة” ، بالإضافة إلى المعبد اليهودي). تأسس المتحف القبطي في عام 1910 م ، وكان الغرض من إنشائه جمع الآثار والوثائق التي تساهم في إثراء دراسة الفن القبطي. في مصر. تبلغ المساحة الإجمالية للمتحف بما في ذلك الحديقة والقلعة حوالي 8000 متر مربع. إنها أرض وقفية تابعة للكنيسة القبطية الأرثوذكسية قدمها البابا كيرولوس الخامس في 112. تم تطويره بجناحيه القديم والجديد والكنيسة المعلقة عام 1984 م.

ومن أبرز المشاهير الذين زاروا المتحف القبطي الملك فؤاد الأول الذي أوصى بضرورة وجود مكتبة تحتوي على أهم الكتب في المجال القبطي ، وتبرع لهذا الغرض بمبلغ 500 جنيه. كانت النواة الأولى لهذه المكتبة هي مجموعة المخطوطات المحفوظة في الكنيسة المعلقة.

زار المتحف القبطي العديد من رؤساء وقادة العالم ، ومنهم الرئيس الأمريكي ثيودور روزفلت الذي زار المتحف عام 1910 ، وكذلك الملك فؤاد الأول عام 1920 ، ثم للمرة الثانية عام 1930 ، برفقة الملك ألبرت الأول ملك بلجيكا. . كما زارها الإمبراطور هيلا سيلاسي ، الإمبراطور الراحل لإثيوبيا ، في 28 يونيو من العام. 1959 كما زارها ولي عهد الدنمارك في نوفمبر 1962 برفقة الدكتور ثروت عكاشة وزير الثقافة في ذلك الوقت والرئيس نكرونا رئيس غانا الراحل وتبرع بمبلغ 4000 جنيه مصري نقدًا للمتحف.